Les documents SGML sont des documents où les contenus sont structurés selon une définition de type de document (DTD). Cette DTD définit des marqueurs en fonction du contenu du texte. Napoleonica utilise des marqueurs inspirés de la DTD EAD (Encoded Archival Description) pour baliser les instruments de recherche. Ceux-ci ne sont pour l'instant pas structurés rigoureusement en EAD, mais les mêmes marqueurs balisent des informations de même nature : par exemple, tous les noms propres présents dans les inventaires sont balisés par le marqueur "persname". Ces balises sont invisibles lors de la consultation mais utiles au moment de la recherche.