Le Conseil d’État est installé aux Tuileries, à proximité immédiate de l’Empereur. Cette situation privilégiée montre bien que le Conseil d’État se trouve au cœur du dispositif de gouvernement de Napoléon. Certaines assemblées générales peuvent néanmoins se tenir au Palais de Saint-Cloud lorsque l’Empereur y réside.

 Réaménagements
Le château, éprouvé par la Révolution, est délabré. Les premiers travaux de restauration du bâtiment sont confiés à Etienne-Chérubin Leconte. L’aile Sud du palais (côté Seine) est destinée aux appartementsdes Consuls. L’aile Nord, qui abritait l’ancienne salle de spectacle du palais, transformée par Gisors en 1792 pour servir aux séances de la Convention, est rapidement aménagée pour abriter le Conseil d’État. Les tribunes de la salle de la Convention sont détruites pour laisser place à la bibliothèque .(1) Les sections ont sans doute occupé les étages du pavillon de Marsan jusqu’en 1806.

Leconte, disgrâcié après l’attentat de la rue Sainte-Nicaise au début de 1801, est remplacé par Percier et Fontaine. En janvier 1803, une chapelle est installée à l’emplacement d’un cabinet de travail attenant à la salle de séance du Conseil d’État.
En 1805, des travaux beaucoup plus importants sont décidés (2) : une nouvelle chapelle est aménagée sur l’emplacement de la chapelle de 1803 et des pièces qui la séparaient de la salle de la Convention. Elle est divisée en deux étages, les colonnes de la nef soutenant des tribunes. Une nouvelle salle de spectacle, modulable en salle de bal, est construite en 1806 à l’emplacement de l’ancienne salle de la Convention.

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 La grande salle du Conseil d’État
La salle d’assemblée générale du Conseil d’État, aussi appelée Salon des travées, est aménagée en 1805 entre la nouvelle chapelle et la future salle de bal. Elle donne sur la chapelle par des ouvertures pouvant servir de tribunes. Cette salle rectangulaire est décorée de pilastres et de colonnes en stuc jaune de Sienne, avec des fonds blancs veinés et des chapiteaux et ornements dorés .(3) Le plafond, commandé à Gérard en 1806 et achevé en 1811 représente la Bataille d’Austerlitz. En 1808, trois statues en pied (4) viennent s’ajouter à la salle, représentant Portalis, Tronchet et Cambacérès, pères du Code Civil. Cambacérès, bien vivant, préside dès lors les séances en face de sa propre statue.

On accéde à cette salle du Conseil par un grand escalier de plan carré partant du pavillon central du château vers la salle de garde à l’entresol. Cet escalier, conçu par Fontaine, part de la salle des gardes, entre deux socles soutenant des statues et s’élèvait entre deux massifs de maçonnerie portant des colonnes vers l’antichambre du Conseil d’État. Cette enfilade de marches menant à la salle de séance renforçe l’impression de solennité provoquée par l’entrée de l’Empereur lors des assemblées générales (5).

Au fond de la salle d’assemblée générale se trouve la table de Napoléon, placée sur une estrade élevée de deux marches. Deux tables latérales accueillent Cambacérès et Lebrun sur le même plan. Selon certains témoins, ces tables se trouvent en bas de l’estrade sous l’Empire. Des rangées de tables légères destinées aux conseillers d’État sont alignées sur les deux côtés de la salle, assez loin des murs. Les ministres présents occupent les places les plus proches de l’estrade. A partir de 1806, les maîtres des requêtes sont placés à de petites tables faisant face à l’estrade, perpendiculaires à celles des conseillers. Les auditeurs admis en séance sont assis sur des chaises ou des tabourets derrière les conseillers, dans l’embrasure des fenêtres et des portes. Entre 1803 et 1806, encore peu nombreux, ils disposent de petites tables (6).

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Stendhal, auditeur au Conseil d'Etat, croquis de la salle du Conseil d’Etat aux Tuileries en marge du manuscrit de La Vie d’Henry Brûlart et schéma explicatif.

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 Tribulations du Conseil après mars 1814
L’Empereur, sentant venir sa fin, prévoit dès février 1814 un repli du Sénat et du Conseil d’État sur les bords de Loire. Seuls les présidents de section et quelques conseillers quittent Paris le 29 mars 1814 pour suivre la Régente à Blois puis Orléans. Le 9 avril 1814, un acte spécial du gouvernement provisoire les destitue.
La majeure partie du Conseil d’État s’est déjà ralliée à Louis XVIII. Sa suppression est pourtant envisagée, malgré la création d’un " Conseil d’État provisoire " le 16 avril 1814.
Une ordonnance du 29 juin 1814 établit toutefois un nouveau Conseil d’État, proche par ses attributions du Conseil d’État impérial, mais très différent par sa place dans l’appareil d’État et par sa structure.
Là encore, le lieu où siège le Conseil d’État est un bon révélateur de sa place institutionnelle : sous la première Restauration, le Conseil n’est plus un corps autonome tenant son existence de la Constitution mais un organe de Conseil du roi créé par ordonnance. Il pouvait être réuni en assemblée générale dans un lieu choisi par le roi. Chacun des cinq comités (anciennes sections) siège dans les locaux du ministère auquel il est rattaché. Les bureaux du Conseil, le secrétariat général et la salle d’Assemblée sont établis à la chancellerie, place Vendôme, ministère de tutelle de l’institution. La bibliothèque et les archives demeurent à la galerie du Louvre où elles sont installées depuis 1805. Cette nouvelle localisation du Conseil d’État dispersée sur plusieurs sites est fixée par ordonnance du 29 juin 1814 (9).
Le Conseil d’État ne sera réuni avec l’ensemble des sections qui le composent qu’après l’installation au Palais Royal en 1875.